高校生のピーター・パーカー（トム・ホランド）は夏休みを迎え、親友のネッド（ジェイコブ・バタロン）やMJ（ゼンデイヤ）たちとヨーロッパへ旅行に行く。ところが、ピーターの前にS.H.I.E.L.D.の長官ニック・フューリー（サミュエル・L・ジャクソン）が現れ、彼にある任務を与える。