スパイダーマンの正体がピーター・パーカー（トム・ホランド）だという記憶を世界から消すため、ドクター・ストレンジ（ベネディクト・カンバーバッチ）はある呪文を唱えるが、それがドック・オク（アルフレッド・モリナ）らヴィランたちを呼び寄せてしまう。ヴィランの攻撃によって、ピーターのみならず恋人のMJ（ゼンデイヤ）らピーターの大切な人たちにも危険が及ぶ。